UASB反應器中的厭氧反應過程包括水解，酸化，產乙酸和產甲烷等。通過不同的微生物參與底物的轉化過程而將底物轉化為最終產物--沼氣、水等無機物
在厭氧消化反應過程中參與反應的厭氧微生物主要有以下幾種:①水解-發酵(酸化)細菌，它們將復雜結構的底物水解發酵成各種有機酸，乙醇，糖類，氫和二氧化碳;②乙酸化細菌，它們將第一步水解發酵的產物轉化為氫、乙酸和二氧化碳;③產甲烷菌，它們將簡單的底物如乙酸、甲醇和二氧化碳、氫等轉化為甲烷